Uno de los motivos de la estructura en divisiones estratégicas y líneas relevantes de investigación del I3A es facilitar la colaboración con investigadores externos, una política que el instituto practica desde su creación.
En el ámbito de la Ingeniería Biomédica, el I3A ha colaborado con especialistas en medicina humana y veterinaria, prótesis, farmacia, cirugía robotizada y microcirugía, productos y equipos clínicos y de diagnóstico, o centros de rehabilitación y discapacidad.
En Inteligencia Ambiental hay colaboraciones con investigadores en temas de automóvil, seguridad y vigilancia, comunicaciones, domótica, sanidad, sistemas informáticos o robótica, entre otros.
En Procesos y Reciclado se colabora en temas de investigación sobre gestión y valorización de residuos, producción y distribución de energía, farmacia, desarrollos agroalimentarios y vitivinícolas o biocarburantes y producción de hidrógeno, por nombrar algunos.